浩瀚的太空，飞行员约翰突遇意外事件，被宇航船抛出，陷入一个奇异的星际轨道。他穿梭1000个星系到达了一个神秘的星球，那里漂浮着地球传说中遥远的“摩亚方舟”飞船，飞船里有来自不同星球的成员，他们都是无家可归的人。约翰决定加入他们，并带领大家寻找地球道路但他们不曾料到，众多 的外星人和外星生物早已对地球航线虎视耽耽。
在飞行过程中，“摩亚”遇到了“和平卫士”的追击，双方数次激战，在一次混战中，“和平卫士”首脑克瑞斯痛失弟弟，发誓要用尽一切手段将“摩亚”摧毁变成一屡轻烟与此同时，“摩亚”水晶能量器忽然失踪，约翰断定是内奸所为，决定展开锄奸行动......经过多次交锋，“摩亚”粉碎了克瑞斯阴谋，逃出生天。
因核反应堆动力装置破裂。“摩亚”降落在西卡行星上进行紧急维修。无意中，约翰发现了飞船上隐匿已久的危机和一个重大的阴谋......
约翰经过一次次战斗的洗礼，逐渐成为一个真正的领袖，而“摩亚”也慢慢聚集了巨大的能量，击退了外星战舰的数次围攻，“摩亚”战士们一步步向地球前进......约翰终于找到了回地球的航线，并成功降落到地球，然而，此时的地球已不再是他们心目中理想的家园......